Работа по выведению кустанайской лошади проводилась в Кустанайском и Майкульском конзаводах и в колхозах Кустанайской области Казахской ССР и в Троицком конезаводе Челябинской области.

Северо-западные области Казахской ССР издавна славились огромными массивами казахской лошади, разводившейся в табунах при самых примитивных условиях. Суровый, резко континентальный климат - морозная зима с частыми буранами, жаркое, сухое лето - способствовали формированию мелкой (132-133 см в холке), но необычайно выносливой и неприхотливой лошади.

До 80-х годов прошлого столетия не предпринималось никаких попыток к улучшению местной лошади. Однако запросы сельского хозяйства и военного министерства побудили государственное коннозаводство обратить внимание на местное коневодство и провести ряд мероприятий широкого масштаба, способствовавших изучению и улучшению местной лошади.

С целью улучшения казахской лошади с 1886 г. начинается организация заводских конюшен: в 1887 г. была создана Тургайская и в 1888 г. Кустанайская. Обе конюшни насчитывали уже в 1900 г. 1181 жеребца. Была поставлена цель улучшить и укрупнить казахскую лошадь разведением "в себе", путем улучшенного содержания и кормления, а также отбором и подбором, чтобы в дальнейшем выращивать жеребцов казахской породы для местного коневодства. Но так как даже укрупненная казахская лошадь не годилась для армии, то Кустанайская конюшня и рассадник перешли на путь скрещивания казахских кобыл с улучшенными верховыми жеребцами, несшими в себе различные крови: донскую, чистокровную верховую, арабскую, орловскую верховую, туркменскую и персидскую. С 1911 г. в рассаднике начинают работать донские жеребцы, которые оказали наибольшее влияние на тип кустанайской лошади.

Основной задачей ставилось выведение лошади ростом 154-155 см, с обхватом груди не менее 180 см и с обхватом пясти 19,5-20 см, удлиненного формата, густого сложения, костистой, верхового склада, но одновременно пригодной и для упряжи. Эта лошадь должна быть выносливой, легко справляться с большими переходами и хорошо переносить условия резко континентального климата. Воспроизводительное скрещивание, отбор по желательному типу и направленное воспитание способствовали созданию кустанайской лошади. Целенаправленная работа большого коллектива ученых и практиков увенчалась успехом и в 1951 году новая порода была утверждена.

Характерной особенностью современных кустанайских лошадей является массивное телосложение, хорошее развитие мускулатуры и плотность торса. Для них свойственны среднего размера голова, длинная, прямая шея, средней длины затылок, высокая холка, прямая спина и короткая, мускулистая поясница. Круп может быть коротким и приспущенным. Лопатка обычно длинная, косо поставленная, ребра длинные и округлые, грудь широкая и глубокая. Конечности сухие, с хорошо развитыми сухожилиями и связками. Корпус хорошо обмускулен. Изредка встречаются лошади с горбоносым профилем и короткой кадыковатой шеей, что указывает на родство с аборигенными предками. Высота в холке 154-157 см. Масти чаще всего рыжая и гнедая.

В породе культивируют три типа лошадей: основной, верховой и степной.

Основной тип - отличается удлиненным, массивным корпусом, плотной крепкой конституцией. У лошадей гармонично сочетается признаки верховой чистокровной породы и местных пород, они хорошо приспособлены к условиям табунного содержания.

Верховой тип – более четко выражены верховые качества: корпус короче, чем у лошадей основного типа. Они менее массивны и в их общем облике более ярко выражены признаки чистокровной верховой породы. Табунные условия переносят хуже, более требовательны к условиям кормления и содержания, но при конюшенно- пастбищном содержании чувствует себя нормально. При хорошем кормлении они проявляют высокую работоспособность.

Степной тип – у лошадей степного типа преобладает признаки степных пород (казахской, калмыцкой, донской), упряжные качества выражены ярче, чем верховые. Они менее породны, но более массивны. Имеют плотный грубый торс и меньшую высоту в холке. Лошади этого типа отлично приспособлены к табунному содержанию, хорошо нажировываются, очень плодовиты и молочны; по резвости ниже лошадей верхового типа.

Лошади Кустанайской породы могут служить племенным материалом для улучшения иных лошадей. Кустанайские лошади отличаются высокими рабочими качествами, большой выносливостью и высокой резвостью. По работоспособности под седлом и в упряжи они не уступают лошадям буденновской породы. Учитывая спокойный нрав, красивые внешние формы, легкую приспособляемость к разным климатическим условиям, они прекрасно подходят для любителей конного спорта.